《命运石之门第二季》主人公冈部伦太郎经历无数的苦难，跨越了尽头悲哀的放弃了挽救“她”的世界线的故事。 失意至底的冈部伦太郎。 被“封印”的“凤凰院凶真”。 担心他的伙伴们。 新登场的角色们。 未被拯救的“她”到底怎么了？ 《STEINS；GATE》中没有登场的新的角色迎来被描绘的“0”的故事。 是的，那里的“她”现在也在——
佐藤心晴有一本“黑历史”。那是耗上整个国中时期所写出来的一部转生为伯爵千金心晴与骑士相爱的故事！10年后，正当妈妈即将发现“黑历史”的存在时，焦急的心晴却遭逢车祸身亡，而当她再次睁开眼时，她已转生为“黑历史”故事中的最强恶女·依雅娜！！依雅娜是一名想要暗杀姊姊·心晴的角色。总而言之现在得快点想起“黑历史”的内容，才能避免被插上死亡旗帜啊！？把自己从“黑历史”中救出，避免死亡旗帜的爱情喜剧就此拉起序幕！！我根本不需要读书啊，妈妈，重要的不是成绩，而是魔力啊。
故事发生在桃园高中之内，加贺良介（下野紘 配音）是学校里出了名的好色之徒，对美少女的一切都十分热衷。某日，良介偶遇了名为丽萨菈（远藤绫 配音）的神秘女子，其真实身份竟是出身名门的死神，在阴差阳错之下，良介和丽萨菈签订了契约，他所要付出的代价竟然是他的色欲之魂。
这里是和风咖啡厅“鹿枫堂”。店主、负责茶水的水，负责拿铁的格雷，负责料理的世贵，负责甜点的椿。各自身怀绝技的4人经营的隐藏人气店。他们在“款待”客人的同时，偶尔还会解决客人的“烦恼”。以咖啡厅为舞台，完美的4人编织而成的真诚故事。好了，今天的客人是……？
飞弹伤无（赤羽根健治 配音）表面看来是一个非常平凡的男孩子，在姐姐飞弹怜悧（衣川里佳 配音）的安排下，他进入了战略防卫学园阿塔拉克西亚学习，这里生活的女孩们都拥有着各自的魔导装甲，希望能够通过学习如何操纵它们来成为一名合格的战士。实际上，飞弹伤无拥有着一项特殊能力，那就是通过触摸女孩们的身体来增加她们的装甲的威力。外冷内热嘴硬心软的千鸟渊爱音（影山灯 配音）、热情奔放身材傲人的优莉西亚（赤崎千夏 配音）、风纪委员姬川映流（长妻树里 配音），在学园里，飞弹伤无很快就交到了朋友。
新田义史（中岛良树 配音）是就职于芦川组的黑社会干部，虽然长相非常的凶恶，从事的也是令人闻风丧胆的职业，但实际上，新田义史拥有一颗十分善良的心灵。一天，一个神秘的椭圆形物体掉落到了新田义史的房间里，在那里出现了一个美丽的少女雏（田中贵子 配音）。面无表情的雏向新田义史强大的念动力，迫于雏的淫威，新田义史不得不让她以女儿的身份住进自己的家中，就这样，黑社会人事和超能力少女的同居生活开始了。
